既存の動画ファイル（.mp4、movなど）に透かし文字・画像を入れることは出来ません。

スクリーンウォーターマークではPC画面自体に透かし文字・画像を表示することが出来ます。
その為、スクリーンウォーターマークを起動しているPCで動画を再生し、その画面自体の録画（画面録画用ソフトを利用して等）を撮ることで透かしを入れた動画を作成することは可能です。